Байкальский государственный природный биосферный заповедник был образован в 1969 году – учрежден постановлением Совета министров РСФСР от 26 сентября 1969 года № 571. Он расположен в Прибайкалье, в юго-западной части Республики Бурятии, в центральной части хребта Хамар-Дабан, на террасах озера Байкал.
Научный профиль заповедника – изучение природного горно-таежного комплекса Хамар-Дабана и побережий озера Байкал. С 1986 года заповедник входит во Всемирную сеть биосферных резерватов, с 1996 года – в состав участка Всемирного природного наследия «Озеро Байкал». Также он включен в число объектов Всемирного культурного и природного наследия ЮНЕСКО.
Еще в начале 1950-х годов группой ученых, занимавшихся изучением природы Прибайкалья, была высказана идея создания заповедника на южном побережье Байкала, для охраны природы этой уникальной территории. Заповедник изначально был задуман как комплексный – он создавался для сохранения и изучения природных комплексов Южного Прибайкалья, экосистем Хамар-Дабана, и как одно из намеченных правительственных мероприятий по охране Байкала.